Actuellement en licence professionnelle Biologie Analytique et Expérimentale parcours Génomique et Diagnostic Moléculaire à Montpellier, j’ai la chance d’effectuer mon alternance au sein d’ELISOL Environnement. J’ai fait le choix de travailler dans cette entreprise pour mettre en application mes compétences en biologie moléculaire pour répondre aux missions environnementales de l’entreprise. Spécialisée en nématologie, l’entreprise propose des analyses de bio-indication et de phytoprotection.
Ma mission principale consiste à mettre en place de nouvelles techniques de biologie moléculaire pour identifier certains nématodes phytoparasites.
Arrivée début Septembre, mon alternance s’inscrit dans le projet MiFaSol qui a pour but d’étudier le rôle des apports de Matières organiques dans la remédiation de la FAtigue des SOLs (projet FranceAgriMer coordonné par INVENIO).
Ce programme de biologie moléculaire au sein d’ELISOL pour l’identification spécifique des nématodes phytoparasites prend la suite du programme Meninnov-tâche2 (projet Readynov de la région Occitanie coordonné par ELISOL avec l’IRD comme partenaire) dont l’objectif était de mettre au point une méthode d’amplicon-barcoding pour caractériser les communautés de nématodes du sol (2018-2021).
Ces activités ont nécessité la création d’un nouveau laboratoire à ELISOL inauguré le 1 décembre !
L’objectif de mon travail est de mettre en place des PCRs simples et multiplex pour identifier différentes espèces de nématodes appartenant à 3 genres: Pratylenchus, Meloidogyne et Heterodera.
Ces nématodes, selon les espèces en présence, sont plus ou moins dommageables à différentes espèces de plantes cultivées. Ces tests serviront à déterminer la présence ou non de ces genres de nématodes ainsi que leur espèce dans les échantillons de terre ou de racines.
En effet, la détermination de l’espèce est le plus souvent impossible avec les méthodes classiques (critères morphologiques) à partir des stades juvéniles de nématodes, parfois les seuls disponibles. De plus, les nématodes d’un même genre sont très ressemblants, leur identification nécessite donc des compétences pointues. Ainsi, seulement quelques personnes peuvent réaliser ces identifications alors que cela pourrait être à la portée d’un plus grand nombre avec une méthode de biologie moléculaire.
